並沒有正規的指定程序。但一般都認定就是境外的非政府機構，須夥拍官方認可的境內組織，才能夠在國內從事有關的活動；部分已在國內開展服務的非政府組織，一般都通過幾種不同方法，讓它們可以在國內工作。有機構透過長期的交流，與某些國內相關單位合作，雙方訂立「合作協議」，推行某些服務項目，而該項目則屬於該國內的業務管轄範圍；有的與內地單位合作，催生一個服務團體，而該團體則屬於該國內單位的管轄範圍。

其中一個簡單做法，可以從中國境外，資助中國所屬機構拓展的項目，你需要做的，就是物色一個恰當的夥伴，達成合作協議，再移交金錢。 另一個可行做法，就是與國內所屬機構商談一個您有一個有較大參與空間的合作協議，那你可以在服務過程中不時探訪服務單位，一方面可以觀察服務進度，在亦可以以顧問或培訓者的身份對服務提供支援。有很多境外的非政府機構均以這種方式在國內工作。其實，這也是許多國內夥伴較喜歡選擇的一種方式。他們最初會想到或許是境外的資源，但當他們有更大的參與後，對專門技術及方法會有很大的興趣。當然，這取決於您與合作夥伴的關係。

在國內的地方層面開設項目辦事處，程序比較簡單直接，夥拍一個信譽良好的地方機構（無論是政府部門(衛生、農務、教育部等)，或當地具規模的組織，例如婦聯、縣或市政府，或學術機構。在合作協議之範圍內，合作夥伴往往能幫助你開設一個本地辦事處(當然也要視乎你的項目規模)、替你的同事及顧問申請工作及訪問簽証等。 不過，有一點值得注意的：項目辦事處本身不能夠以一個全國性或代表性辦公室的身份運作，尤其是在北京以外地方開設的辦事處。例如以江蘇或貴州為基地的辦事處，如因某些實際工作因素，要到其他地方探索其他的合作空間，那是可以的；但如果你在名片上印載著「中國項目辦事處」，則會造成不便，甚至為你的合作夥伴帶來麻煩。

在國內開展工作，其中一個重要條件就是與國內夥伴發展良好、誠實和相互尊重關係。因此最重要是選擇適合的夥伴，避免雙方在合作性質及項目運作上產生誤解。 另一點就是無論你只希望從外面投資到內地工作，還是希望在服務實踐上有更大的投入，有很多內地機構都希望與境外團體合作推行項目；當中資源是它們的一個考慮因素，這並非單純是資源問題，有時境外機構的信譽往往對國內團體爭取內地撥款機構支持有利。有一些國內機構明白到，雖然個別的境外非政府組織資源有限，但與它們合作會更能得到更多其他的國際資助(通過政府或大型基金)。 在選擇合作夥伴時要注意的是避免承諾一些你認為難以符合的要求，以免帶來日後各種運作上的約束。在簽署合作協議前，與合作夥伴之間應製造更多機會彼此了解雙方的期望，對具體項目操作細節，雙方作認真討論，了解彼此的要求及困難。從過往一些境外機構和合作的經驗發現，有些機構要花上一、兩年時間與合作夥伴溝通，然後才落實簽署合作協議。

過去幾年，稅務機關有良好的發展，入口稅、個人稅及公司稅不斷增長，相對於過去幾十年政府較低稅務收入，現時的情況是比較理想，但整體環境仍不利於減免稅收。雖然1999年頒布的《社會福利機構管理暫行辦法》就著捐款、稅務豁免等作出基本的指引，但實際上如何豁免稅款，以待稅務機關按不同的情況作決定。國內的合作伙伴與梲務當局的討價還價的能力是關鍵因素；但實際上很少境外非政府組織能夠獲得稅務豁免。

向國內法定的非政府組織提供撥款及技術支援並沒有問題；其實，某些組織如駐南京的愛德基金會，它完全依賴很多國際組織的支持。在國內相對獨立的國非政府組織，要協助一個境外非政府組織在國內取得正式的認可亦非容易。相反，一些較大的、與政府關較密切的非營利組織，例如中國青少年發展基金會、中國殘疾人聯合會或中華慈善總會等，他們其實與很多境外組織建立不少工作關係，亦較其他地方夥伴擁有更高的官方認可地位。

民政部官員並不願意討論有關法規的內容，而他們與境外非政府組織的合作認知及經驗不多，對它們的情況，包括工作性質及範圍等，都不是很清楚，對於這樣的一個不熟悉的領域，要作出調控實非易事。若根據1998年頒布的中國社會團體註冊登記暫行條例，那組織必須在相關領域上尋求政府機構作為其主管單位，以及監督組織的活動；只要做到這點，社會組織便能夠向民政機關登記註冊。這種方法的主要問題，是主管單位有很多責任，卻沒有應有的風險保障，形成它們會較難接受一些知名度較低、獨立或潛在風險較高的團體。 不過，新法例尚未通過，意味著其內容尚有討論空間，境外的組織如要進入國內工作，也可藉此機會向有關當局反映意見。

因為在國內的行政架構裏，境外非政府組織並沒有地位，所以沒有一套很清晰的程序或規則。一些組織會與全國性的機構合作，例如福特基金會與中國社會科學院；或其他國際志願組織與和中華人民共和國國家外國專家局之間建立的合作協議。 現時，也有一些境外的組織，它們選擇以工商註冊登記成為「企業」；雖然這未必是最恰當的途徑，卻能在某種意義上取得官方認可地位，可以用組織的名義開設銀行戶口、簽發的正式收據，以及聘用國內居民為職員。以這種方式註冊的組織，通常也需要得到國內的合作夥伴的支持，有時找一些中介人或機構協助登記，也會有一定的幫助。

透過某些方法在國內註冊成為企業或建立聯繫，或有助你在商談的過程，取得實際得益以及正式的認可，但這些程序，並非一定令你在國內工作得更順利，尤其當你的機構規模相對較小。 如果能夠證明與你所合作的機構乃官方認可，而你又並非從事一些敏感或引來爭議的工作，那麼即使你沒有獨立的註冊登記地位，都不會惹來很大的麻煩；但可能遇到一些實際運作上的困難，例如不能夠在銀行以組織名義開設戶口等。 有數個境外的非政府組織在國內開展大量工作，但它們都未經正式獨立註冊，只是跟有關政府部門以項目合作協議方式運作。